Geçtiğimiz ay Ankara’da gerçekleştirdiğimiz Yeni Nesil Dizileme Veri Analizi Eğitiminde neler yaptık? Hangi teknolojileri kullandık. Yeni yöntemler ve sağladığımız olanaklar nelerdi?
Eres Biotech GARAJ’ da programlama meraklılarıyla buluştu
Eres Biotech olarak 30 Eylül-1 Ekim tarihlerin de TOBB GARAJ da gerçekleştirdiğimiz Yeni Nesil Dizileme Eğitimi ile yeni teknolojiler ile deneylerini ve verilerini daha verimli kullanmak isteyen bilim insanları ve bilim insanı adaylarıyla buluştuk. Yeni Nesil Dizileme ile ERES Biyoteknoloji tarafından sağlanan sunuculara bağlanarak deneylerimizden elde ettiğimiz DNA dizilerimizin hatalarını kodlarını çok daha hızlı karşılaştırma fırsatı elde ederken, farklı bilim insanlarının önceden elde ettiği verilere de ulaşıp dizilerimizi karşılaştırma fırsatı elde ediyoruz. Bu sayede günlerce, haftalar hatta belki de aylar sürecek çalışmalarımız saatlere iniyor.
Eğitimimizi 10 kişilik katılımcı ve bir de eğitmenimiz Emrah Kırdök ile gerçekleştirdik. Eğitimde biyoloji lisan eğitimine devam edenler, biyoloji eğitimini bitirmiş bilim insanları, tıp öğrencilerine kadar uzanan geniş bir katılımcı kitlemiz vardı. Hepsi birbirinden meraklı katılımcılarımızla çok zevkli bir eğitim hafta sonu geçirdik.
Hangi sanal ortamlarda programları çalıştırdık?
Katılımcılarımızın hepsin de aynı bilgisayarlar bulunmadığı için farklı programlar kullandık. Windows için putty adlı bir programdan faydalanarak, Mac içinde terminal üzerinden bağlanarak sağlanan sunucularda işlem yaptık. Adları farklı olmasına rağmen ikisi de tamamen aynı işleri görebiliyorlar. Her katılımcı için ayrı ayrı tarafımızdan sunucular açıldı. Eğitim için gerekli örnek dizileme veri setleri ve tüm programlar sunucularda sağlandı.
İki günlük eğitimde neler yaptık?
İlk olarak kullanacağımız programları daha iyi anlayabilmek için Biyoinformatik kavramıyla giriş yaptık. Bu kavram içindeki yöntemleri ve sorabileceğimiz soruları daha iyi kavradık. Bunların yanında DNA kavramından da bahsettik. Daha sonra dizileme yöntemlerini ilk yöntemden ele alarak günümüze kadar olan gelişmelerden ve farklı yöntemlerden bahsettik. Neden yeni nesil dizilemeyi tercih ettiğimizi açıkladık.
Bu kısa girişten sonra Unix/linux ‘ a giriş başlığı adı altında dizileme eğitimine başlamış olduk. Neden unix/linux olduğunu açıklarken pratik özelliklerinden de bahsettik. Komutları öğrenmeye başladık. Komutlar ile nasıl dosya açmayı,dosya aktarmayı,dosyaları programa girdi olarak girmeyi öğrettik. Daha sonra yeni nesil dizileme verisi kalite kontrolü’nün nasıl yapılacağını öğrendik. DNA verilerini referans genoma hizalamayı ve hizalama dosyalarıyla çalışmayı öğrendik. Biyoinformatik süreçleri ve kendi sürecimizi geliştirmeyi öğrendik. En son dizi okuma arşivi nede değinerek bitirdik.
Eğitimin sonunda katılımcılarımızdan bizimle alakalı görüşlerini bildiren bir form doldurmalarını istedik ve çok güzel dönüşler aldık. Bunların yanı sıra katılımcılarımızın istediği farklı konularda ki eğitim isteklerini de not aldık .
Gelecek Yeni Nesil Dizileme Eğitimi Veri Analizi grubumuz İstanbul’da olacak. Kasım ayında İstanbul’da siz de bize katılabilirsiniz. Ön kayıt için aşağıdaki bağlantıda yer alan formu doldurabilirsiniz.
