Kolları kısa, kafası büyük, filmlerdeki en yırtıcı dinozor dediğimizde hepimizin aklına Tyrannosaurus rex gelir. Dinozorlar Dünya üzerinde yaşamış en büyük canlılardandır. Yaklaşık 65 milyon yıl önce bir meteorun Dünya’ya düşmesini takip eden süreçte yok olan dinozorları gelin biyoinformatik araçlarla keşfedelim.
Peki gerçekten hepsi yok oldu mu?
Aslında bu yok oluş sürecinden en az etkilenenler dinozorların uçabilen akrabalarıydı. Günümüzdeyse bu canlılar bizim için sokaktaki güvercin, çiftlikteki tavuk ya da balkonumuza konan serçe olarak hayatlarını devam ettiriyorlar.
Kuşlarla dinozorlar arasındaki ilişkiyi nasıl kurduk?
Paleontologlar çeşitli dinozor fosilleri keşfettikçe, kuşlara benzeyen, uçabildiği düşünülen pek çok farklı tür keşfettiler. Morfolojik olarak bu türleri ve özelliklerini incelendiğinde kuşlarla aralarında önemli benzerlikler olduğu ortaya çıkarıldı. Bu fosillerden en önemlilerinden biri ise Archaeopteryx ‘tir. Tüyleri, pençeli üç parmağı olması, uzun bir kemikli kuyruğu olması gibi pek çok özelliği ile kuşların evrimi araştırmalarında keşfedilen önemli bir nokta olmuştur.
Tyrannosaurus rex ve en yakın yaşayan akrabası tavuk!
Günümüzde hem laboratuvar teknikleri hem de canlılar hakkındaki veriler arttıkça, biyoinformatik çalışmalar gibi pek çok çalışmayla yeni bilgiler ortaya çıkarılmaktadır. Bunlardan en ilginçlerinden biri de T. rex ve tavuk arasındaki yakın ilişkidir.
Araştırmacılar 2008 yılında Science’da yayınladıkları çalışmayla T. rex fosil kalıntılarından kollajen moleküllerini izole etmeyi başardıklarını yayınladılar. Daha sonra elde ettikleri bu kollajenin amino asit dizisini elde eden araştırmacılar, yaptıkları çalışmayla T. rex’in günümüzde tavuklarla (Gallus gallus) ilişkili olduğunu ortaya koydular.
Kendiniz Deneyin!
Bu çalışmayı siz de tekrar edip deneyebilirsiniz. Araştırmacılar elde ettikleri T. rex kollajeninin amino asit dizisini herkese açık veri tabanlarında ( NCBI , Uniprot ..) bulabilir, daha sonra yine bu veri tabanlarında bulunan diğer canlılara ait kollajen molekülleriyle BLAST kullanarak karşılaştırabilirsiniz. Son olarak bu kollajen dizilerini hizalayabilir ve basit bir filogenetik ağaç çıkarabilirsiniz.
Bu biyoinformatik çalışmanın sonunda ise tavuk ve T. rex arasındaki ilişkiyi kendiniz görebilirsiniz.
1-) Veri tabanında T. rex kollajen dizisini bulmak.
https://www.uniprot.org/uniprot/P0C2W2 adresinde yer alan dizi T. rex’e ait 68 milyon yıllık fosilden elde edilen kollajen dizisidir.
2-) Diğer kollajen molekülleriyle karşılaştırma
NCBI ya da yine Uniprot üzerinde BLAST sorgusu yaparak elinizdeki diziyle ilişkili kayıtlı dizileri ortaya çıkarın.
3-) Basit bir filogenetik ağaç için BLAST içinde ağacınızı çizdirin
Sonuç sayfasında yer alan sonuçlar için uzaklık ağacı (Distance tree of results) düğmesine tıklayın.
Biyoinformatik araştırmalar
Biyoinformatik araçlar ve veri tabanları kullanarak çok farklı çalışmalar ortaya çıkarmak mümkündür. Sadece bir kaç online araç kullandığımız bu basit çalışmada bile, ilginç sonuçları görmek etkileyici. Daha farklı online ve offline araç kullanarak çok farklı araştırmalar gerçekleştirebilirsiniz. Kendi çalışmalarınızda değişik yaklaşımlar uygulamak için ya da araştırma kapsamınızı genişletmek ve derinleştirmek için kullanabilirsiniz.
Kaynak :
Daha önce burada yayınlandı : https://wp.me/p8gg28-iS
