Biyoinformatik ve R Dili arasında nasıl bir ilişki var? Bu soruya cevabımızı R’la biyoinformatik çalışmalar yapan MSc. Ravza Gür’le yaptığımız sohbet etkinliğinde cevap verdik. Biyoinformatik ve R dili ile ilgili bu etkinliğe katılamayanlar için önemli noktaları baştan sona sizin için derledik.
Biyoinformatik ve R Dili Sohbeti
Biyoinformatik ve R dili hakkında pek çok soru alıyoruz. Takipçilerimizin sorularına cevap vermek için geçtiğimiz Nisan ayında eğitmenlerimizden Ravza Gür ile R ve Biyoinformatik konuştuğumuz bir söyleşi gerçekleştirdik. Herkese açık ve ücretsiz etkinliğimize katılmayı düşünenler için kısa bir kayıt formu ile kayıtlarını aldık ve farklı disiplinlerde ve çeşitli yaş kategorilerinde katılımcı ile gerçekleştirdik.
Etkinlik detaylarından bahsetmeden önce eğitmenimiz Ravza Gür’ü biraz tanıyalım. Kendisi 2016 yılında Marmara Üniversitesi Biyomühendislik (İngilizce) bölümünden onur öğrencisi olarak mezun oldu. Aynı alanda yüksek lisans eğitimini Yıldız Teknik Üniversitesi’nde 2018 yılında tamamladı. Doktora eğitimine ise 2019 yılında Oxford Üniversitesi’nde Biyoinformatik alanında başladı ve şu an devam etmekte. Çalışma konuları; biyolojik problemler için analitik metotlar geliştirme, yoğun olarak tek hücreli ATAC sekans verisi (single cell ATAC sequencing) olmak üzere yeni nesil dizileme analizi ve makine öğrenmesidir. Ravza’yı biraz daha tanımak isterseniz sizleri Eres Biyoteknoloji Instagram hesabımızdaki “meet the team” serimizde Ravza için hazırladığımız postları incelemeye bekleriz. Ayrıca Ravza’nın biyoinformatik ile ilgili eğitimleri, seminerleri, kaynakları, bunlara ek olarak kendi yaşamından da kesitler paylaştığı bir Instagram hesabı var.
Yaşam bilimlerinde R’a nereden başlamalı?
Sohbetimizde, eğitmenimiz öncelikle kendi çalışma konularından bahsederken R programlamayı hangi aşamalarda ne amaçla kullandığını anlattı ve katılımcıların da sorularıyla farklı alanlarda merak edilen konuları cevaplandırdı. R programlamadan biyoinformatikte kariyer yapmaya, Oxford Üniversitesi’ndeki doktora yaşantısından lisans mezunlarına tavsiyelere kadar birçok konuda konuşma ve birbirimizden faydalanma şansını bulduk. Sohbet esnasında gelen soruları ve önemli noktaları da sizlerle paylaşmak adına derledik. İşte söyleşimizin şekillendiği sorular ve cevapları.
Biyoinformatiğe daha yeni yeni başlayan ve biyoloji alanından gelenlere önerileriniz neler, nerden başlamalı?
Biyologlar için temel biyoinformatik kitaplarını okumak incelemek biyolojik soruları anlama ve üretmede yardımcı olur, bu yönden bir bakış açısı kazanmanızı ve daha geniş bir çerçeveden bakabilmenizi sağlayabilir. Bunun dışında MIT’nin Youtube’da kaynak videoları var, bunlardan yararlanabilirsiniz.
- Bioinformatik alanında Türkiye’de yüksek lisans yapmayı planlayan birine bir üniversite veya danışman öğretim üyesi tavsiyeniz var mı?
Gebze Teknik Üniversitesi şu anda ekibini ve çalışmalarını geliştiriyor hesaplamalı biyoinformatik alanında. Burası güzel bir seçenek olabilir.
- R programlama paketlerini ücretsiz kullanabiliyor muyuz?
Evet R ve paketlerinin tamamı ücretsiz.
- R ile çalışırken bir hata aldığınızda onu çözmek için nerelere başvuruyorsunuz?
Bu alanda sürekli hata almak çok normal ve zaten bunları çöze çöze ilerliyorsunuz analizinizde. Öncelikle temel kaynaklara ve kitaplara başvurabilirsiniz. Ayrıca bir hata ile ilk defa karılaştığınızda emin olabilirsiniz ki başkaları da o hata ile çoktan karşılaşmış ve çözmüştür. Bu sebeple forumlardaki soru cevaplardan yararlanabilirsiniz. Aldığınız hatayı arama motoruna yapıştırdığınızda aynı sorunu yaşayan birini ve çözüm üretmesine yardımcı olan bir cevabı görebilirsiniz.
- R eğitiminin kapsamı nasıl olacak? Genel tıp alanına dair daha basit istatistiksel hesaplamalar (regresyon vb) ve örneğin ggplot paketi kullanımına dair bir eğitim mi olacak? Yoksa biyoinformatik çalışanlara yönelik mi?
Eğitim, R dilini ve kullanımını temelden ele almaya başlayacak. Yani ön bilgi veya kursa ihtiyaç duymazsınız. Sadece biyoinformatik çalışanları için değil, ilgilenen ve merak eden herkes faydalanabilir. Örnekler genel olarak yaşam bilimleri alanından olacak.
- Eğitime katılmak isterim, kayıt formuna nerden ulaşabilirim?
Eğitim hakkında detaylı bilgi ve kayıt olmak için bu linki ziyaret edebilirsiniz: https://tr.eresbiotech.com/egitimler/r-programlama-egitimi/
Bunlar ve daha birçok merak edilen soruya cevap olan eğitmenimiz Ravza Gür’e, etkinliği interaktif bir sohbet haline getirmemizi sağlayan bütün katılımcılarımıza teşekkür ederiz. Gelecek etkinliklerde görüşmek dileğiyle…
BONUS: Artık Telegram’dayız!
Telegram Kanalımızda hem güncel biyoinformatik ve yaşam bilimleri etkinliklerini hem de farklı kaynaklardan biyoinformatikle ilgili bilgileri, videoları, uyulama örneklerini paylaşıyoruz. Sizi de bekleriz: https://t.me/biyoinformatik
