5 Maddede Biopython nedir?

5 Maddede Biopython nedir?

Biopython nedir ve ne için kullanılır 5 maddede bu soruların cevaplarını arayacağız. Biopython, biyolojik verinin analiz edilmesi için gereken python kütüphane setlerini bir araya toplayarak araştırmacılara sunar. Yani DNA sekansı, protein sekansı gibi en çok kullanılan biyolojik verilerin analizinde kullanılan kütüphanleri bir araya getirir ve bu sayede daha az programlama eforuyla daha fazla analizi yapmanız için yardım eder. 

1- Biyoinformatik hesaplamalar 

Biopython DNA ve protein dizileri gibi biyolojik verilerin biyoinformatik analizi için gereken python araçlarını bir araya getiren bir araç takımıdır. Ayrıca uluslararası araştırmacıların açık kaynak katkılarıyla ortaya çıkmış ve ücretsiz olarak araştırmacılara sunulmuştur. Dahası The Open Bioinformatics Foundation (OBF)’ın üye projelerinden biridir. Kurulum, kullanım ve proje hakkında detaylı bilgi ve kullanım klavuzu https://biopython.org adresinde bulunmaktadır.  

2- Biyolojik dosya formatları 

Günümüzde amaca ve içeriğe göre pek çok farklı biyolojik veri dosyası formatı bulunuyor. Biopython bu dosyaları ayrıştırmanızı, düzenlemenizi ve analiz etmenizi sağlayan araçlar sunuyor. Örneğin FASTQ dosyalarınızı kkolayca FASTA dosyasına çevirebiliyorsunuz. 

3- Veri tabanlarına erişim ve arayüz

Biopythonu kullanarak NCBII’ın vrei tabanına erişebilir BLAST yapabilirsiniz. Tabii ki sadece NCBI ve BLAST’la sınırlı değil yapabilecekleriniz. Kısaca NCBI, EMBOSS, PDB, ExPASy, SCOP gibi pek çok kaynağa Biopython ile erişebilirsiniz.Bunun da ötesinde Clustal Omega, T-Coffee, ClustalW ve DIALIGN gibi pek çok çoklu dizi hizalama aracına erişerek kolayca analizlerinizi yapabilirsiniz.

4- Biopython nedir? Nesne tabanlı bir araçtır.

Python’da olduğu gibi nesne tabanlı bir dildir. Yani nükleotid dizisi ve protein dizisi gibi biyolojik veriler de biopython’da nesne olarak ele alınır. Buna Seq nesnesi denir ve iki temel bileşeni vardır. Bunlar data(örneğin GATCAC dizisi) ve alphabet(bu dizideki karakterlerin anlamı) bileşenleri olup nesneyi tanımlar. 

5- Biopython’un avantajları 

Biopython nedir sorusuna verilebilecek belki de en iyi yanıt, oldukça az kod yazmayı gerektiren bir biyoinformatik araç takımı olduğudur. Bununla birlikte BioSQL veri tabanı standardını destekler. Anlaşılır kullanım klavuzu ve örneklerle anlatılmış “cookbook”u bulunması kullanımınızı kolaylaştırır. Sıkça kullanıldığı için internette benzer sorunları yaşayanların çözümlerini bulmak ya da sorunlar için deneyimlilerden destek bulmak kolaydır. 

BONUS: Biopython’la yapabileceğiniz küçük bir örnek : 

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> my_sequence = Seq("ATTACGTTGCATG")
>>> print("DNA dizisi: ", my_sequence)
DNA dizisi: ATTACGTTGCATG
>>> print("DNA dizisi baz sayısı:", len(my_sequence))
DNA dizisi baz sayısı: 13

Okuma Tavsiyesi :

Python Eğitimi Hakkında ne dediler?