Skip to content Skip to footer

Mikrobiyal Varyant Analizi

Mikrobiyal varryant analizi nedir ve neden yapılır? Aslında isminden de anlaşıldığı üzere mikroorganizma varyantlarını incelemek için yapılan çalışmalara verilen genel bir araştırma yaklaşımıdır. Mikrobiyal varyant analizi, bilim adamlarının mikroorganizmaların genetik yapısını incelemelerine olanak tanıyan güçlü bir araçtır. Önümüzdeki ay Meltem Kutnu Eğitmenliğinde Anaconda Navigatör kullanarak biyoinformarik ve uygulamalı mikrobiyal varyant analizi eğitimi gerçekleştireceğiz. Eğitmenimiz Meltem Kutnu ile hem bu çalışma yöntemini hem de Anaconda Navigatörü sizler için konuştuk.

Mikrobiyal Varyant Analizi Nedir?

Mikrobiyal varyant analizi, mikroorganizmaların genetik çeşitliliğini anlamak ve hastalığın yayılmasıyla mücadele etmek ve insan sağlığını geliştirmek için yeni stratejiler geliştirmek için hayati bir araçtır. Mikrobiyal varyant analizinin en önemli faydalarından biri, yeni mikroorganizma suşlarını tanımlama yeteneğidir. Bu, hastalığa neden olan organizmaların yayılmasını izlemek ve yeni tedaviler ve aşılar geliştirmek için özellikle yararlı olabilir.

Mikrobiyal değişken analizi yapmak için bilim adamları tipik olarak PCR amplifikasyonu, DNA dizileme ve biyoinformatik dahil olmak üzere çeşitli teknikler kullanırlar. Bu yöntemler, araştırmacıların bir mikroorganizmanın DNA’sındaki bir suşu diğerinden ayırt etmek için kullanılabilen spesifik genetik dizileri tanımlamasına olanak tanır.

Meltem Kutnu’yla Varyant Analizi ve Anaconda Navigator Hakkında

İlk olarak Varyant Analizini ve Mikrobiyal varyant analizini konuştuk: “Varyant analizi genel olarak nedir? ne işimize yarar? Mikrobiyal varyant analizinde özel olarak neye bakıyoruz ve bu neden önemli? Aklında bir araştırma örneği var mı literatürden seni etkileyen?”

MK: “Varyant analizi, iki genom arasındaki farkların nükleotit seviyesinde belirlenmesidir. Bu değişimler tek nükleotit düzeyinde olabileceği gibi, ekle-çıkar (indel) varyasyonları da olabilir. Mikrobiyal varyant analizinde amacımız, bir mikroorganizmanın suşları arasındaki genetik değişimleri belirleyerek bu değişimlerin fenotipe etkisini anlamak. Örneğin hastalık yapan bir bakterinin genomundaki değişimler incelenerek, bu organizmanın nasıl yayıldığının anlaşılması mümkün. Ayrıca bu değişimlerin antibiyotik direncine ya da organizmanın büyüme koşullarına etkisine de bakılabilir.”

Mikrobiyal Varyant Analizi ve Anaconda Navigator

“Anaconda Navigator konusunda gelelim. Anaconda navigator nedir? Biz biyoinformatikte neden ve nasıl kullanıyoruz? Mikrobiyal varyant analizinde baştan sona anaconda navigator ile mi çalıaşcağız?”

MK: “Anaconda Navigator, aslında Python ve R dillerinin veri bilimi, geliştirme vb. amaçlarla kullanılabildiği, uygulama ve paket programları içeren, ücretsiz ve açık kaynak bir dağıtım sistemi. Grafik arayüzü sayesinde, komut satırı kullanmamıza gerek kalmadan paket programları indirmemizi ve düzenlememizi kolaylaştırıyor. Linux, Mac OS ve Windows işletim sistemlerinde kullanılabiliyor. Yaygın olarak kullanılan biyoinformatik araçlarının/programların büyük kısmı Linux sistemlerinde kullanılmak üzere geliştirilmiş. Bu araçların yüklenmesi, çeşitli paket programların da birlikte yüklenmesini gerektiriyor ve yeni başlayan bir kullanıcıya zorluk yaşatabiliyor. Anaconda Navigator bu paketlerin yönetimini de kolaylaştırdığı için iyi bir tercih diyebilirim. Mikrobiyal varyant analizi için kullanacağımız programları bu aracı kullanarak indireceğiz, aynı zamanda Jupyter Notebook kullanarak Python’a bir giriş yapacağız.”

Python bilmek gerekiyor mu?

“Peki diyelim ki hiç python bilmiyoruz, nasıl olacak çok zorlanır mıyız öğrenmekte? Eğitimde pythona dair de bir şeyler anlatacak mısın ?”

MK: “Hiç Python bilmiyorsanız öğrenmekte zorlanacağınızı düşünmüyorum; yeni başlayanların çok tercih ettiği ve anlaşılması kolay bir programlama dili. Yazımı bakımından da kısa ve öz; yani birkaç satırlık bir kodla çok sayıda işlemi aynı anda yapabilirsiniz. Farklı amaçlar için kullanılan çok sayıda kütüphanesi var. Bu kütüphanelerin nasıl kullanıldığına dair çok geniş bir kaynakça mevcut. Çok popüler bir dil olduğu için de herhangi bir sorunla karşılaştığınızda cevabını bulmak ve çözmek de mümkün.”

Mikrobiyal varyant analizi, hastalığa neden olan mikroorganizmaların yayılmasını anlamak ve bunlarla mücadele etmek ve ayrıca yeni biyoürünler geliştirmek için çok önemli bir araçtır. Yeni nesil dizileme teknolojilerinin ortaya çıkmasıyla birlikte, mikrobiyal değişken analizi alanı, mikroorganizmaların genetik çeşitliliğine dair yeni içgörüler ve bilimsel keşif için heyecan verici yeni fırsatlar sağlayarak hızla ilerliyor. Biz de bu eğitimimizde mikrobiyal varyant analizi uygulamalarını Anaconda Navigator ile yapacağız. Eğitimle ilgilenler detaylı bilgi ve kayıt için aşağıdaki bağlantıya tıklayabilir.

Go To Top