Biopython ile Temel Biyoinformatik Analizleri
Güncel Eğitim Tarihi:
27-28-29 Eylül 2022
Hafta içi akşam
18:00 – 21:00
Kontenjan: 20 Kişi
Biopython ve Biyoinformatik Analiz
Biopython, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik için Python diliyle geliştirilmiş açık kaynaklı bir araç takımıdır. Biopython, temel olarak belli standartlara sahip biyoinformatik projelerini daha az kodla geliştirilebilmesi için ortaya çıkarılmış bir projedir. 1999’dan beri uluslararası ekiplerce geliştirilen açık kaynaklı Biopython günümüzde büyük biyoinformatik projelerinde sıklıkla kullanılan araç takımlarından biri olmuştur.
Bu eğitimde ilk olarak Python’a giriş yapılacak daha sonra ise Biopython’la biyoinformatik analiz uygulamalarına başlanacaktır. Böylece katılımcılar eğitim sonunda Biopython’la biyoinformatik analiz yapabilir olacaktır. Eğitime katılmak için kodlama bilgisi gerekmemektedir. Temel biyoloji ve biyoinformatik bilgisi katılımcılar için gereklidir.
Eğitim şekli:
- Etkileşimli anlatım ve uygulamalar
- Bol egzersiz ve pratik
Bu eğitimin sonunda katılımcılar şunları yapabilecekler:
- Biopython ile NCBI’a erişim, Blast
- Çoklu dizi hizalama
- Filogenetik
- Motif Analizi
Eğitmen Hakkında:
Dr. Çiğdem Özen, Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümünden 1995-99 yılları arasında lisans derecesini aldı. 2000 yılında aynı bölümde moleküler biyoloji anabilim dalında araştırma görevlisi olarak akademik kariyerine başladı. 2000-2003 yılları arasında Master, 2003- 2009 yıllarında ise doktorasını Moleküler Biyoloji alanında tamamlayarak mezun oldu. 2006-2007 yılları arasında misafir araştırmacı olarak İspanya’da doktora çalışmalarının bir kısmını yürüttü.
2009-2013 yılları arasında Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde Tüba Doktora Sonrası araştırmacı bursu ile kanser epigenetiği üzerine araştırmalarını sürdürdü. 2014 yılında ise İzmir Biyomedikal ve Genom Enstitüsünün kuruluş aşamalarında yer aldı. 2016 yılında hücre biyolojisi dalında doçent ünvanını aldı.
2017 yılında ise ailevi nedenlerle Almanya’nın Dresden şehrine taşındı. Halen Dresden Teknik Üniversitesi’nde, misafir araştırmacı olarak CMCB Biyoinformatik grubunda kanser ve yeni nesil gen dizilemesi ve data analizi üzerine çalışmalarını yürütmektedir.
İyi derecede İngilizce, Almanca ve orta derecede İspanyolca bilmektedir. 2019 yılından bu yana kendi çabaları ile Python, R, Linux command line gibi programlama dillerinde, native cloud foundation (dockers) ve Makine Öğrenme ve yapay zeka gibi alanlarda kendini geliştirmeye devam etmektedir. Ayrıca gen ekspresyon analizleri, GWAS gibi variant analizleri üzerine çalışmaktadır.
Kimler Katılabilir:
- Bu eğitime katılmak için programlama bilgisi gerekmemektedir.
- Temel biyoloji ve temel biyoinformatik bilgisi gereklidir.
- Gmail adresi gerekmektedir (Eğer gmail adresiniz yoksa kolayca alabilirsiniz).
- Katılımcıların bilgisayar ve internet bağlantısı olmalı.
- Temel seviyede İngilizce bilgisi avantajdır.
ÖNEMLİ NOT: Eğitim programı, kayıtların 10 kişiye ulaşmaması durumunda ertelenecek ve 10 kişi tamamlandığında açılacaktır.
EĞİTİM KONULARI
1 – Python’a giriş
2 – Biopython ile biyoinformatik analizlere hızlı başlangıç
3 – Dizi Objeleri
4 – Dizi açıklama (Sequence Annotation) objeleri
5 – Dizi giriş ve çıkışı
6 – Çoklu dizi hizalama objeleri
7 – Biopython’da BLAST
8 – BLAST ve diğer dizi arama araçları (deneysel kod)
9 – NCBI Entrez veri tabanına erişim
13 – Bio.Phylo ile filogenetik
14 – Bio.motifs ile Nükleotid dizisi motif analizi
EĞİTİM DETAYLARI
Eğitmen:
Dr. Çiğdem Özen
Eğitim Tarihi :
27-29 Eylül 2022
Hafta içi akşam
Eğitim Şekli:
Online – Canlı
Eğitim Saati :
18:00 – 21:00
Eğitim Ücreti:
Erken Kayıt olanlar için %15 indirim sağlanmaktadır.
İndirimli fiyat 25 Ağustos’a kadar geçerli olacaktır.
İndirimli fiyat: 518 TL + %18 KDV
610 TL + %18 KDV (25 ağustostan sonra geçerli olacak.)
Taksit imkanı bulunmaktadır. Havale ya da EFT yapmak isteyenler [email protected] adresinden iletişime geçebilirler.
Eğitim Google Class üzerinden sürdürülecek ve dersler kaydedilecektir. Ders kayıtları daha sonra iki hafta boyunca katılımcıların erişimine açık olacaktır.
QR kodlu ve doğrulanabilir katılım belgeleri verilecektir.