Biyoinformatiğe Giriş ve Uygulamalı Mikrobiyal Varyant Analizi

3-5 Şubat 2023

Bu eğitimde Anaconda Navigator kullanarak, Python’la mikrobiyal varyant analizi ve biyoinformatiğe giriş uygulamalı olarak ele alınıyor. Eğitim tıptan biyolojik bilimlere yaşam bilimlerinin tüm alanlarında araştırmacı ve öğrenciler için geliştirildi.

Varyant analizi, genetik ve genomik alanlarında önemli bir araçtır, hastalıkların ve diğer biyolojik olayların genetik temellerini anlamak için kullanılanlır.  Varyant analizi genomdaki genetik varyasyonları belirleme ve yorumlama işlemidir. DNA dizisindeki varyasyonların yanı sıra gen ekspresyonu veya protein fonksiyonundaki varyasyonların analiz edilmesini de içerebilir.

Anaconda Navigator, Python paketlerini ve ortamlarını yönetmek için kullanılan bir araçtır. Anaconda, bilimsel bilgi işlem, veri analizi ve makine öğrenimi için çok sayıda paket içeren popüler bir Python dağıtımıdır.

Eğitmen Hakkında

Eğitmen: MSc. MELTEM KUTNU

Lisans eğitimini 2016’da Bahçeşehir Üniversitesi Genetik ve Biyoinformatik bölümünde tamamlamıştır. Lisans programı derslerinin yanı sıra programlama, makine öğrenmesi, moleküler modelleme ve biyoinformatik üzerine dersler almıştır.

Yüksek lisansını ODTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde 2019 yılında tamamlamıştır. Bu süreçte yapısal biyoinformatik, biyoistatistik, karşılaştırmalı genomik ve transkriptomik ve protein ve DNA dizi analizi konularında dersler almıştır. Yüksek lisans tez çalışmasını Bacillus subtilisOGU1 suşunda farklı ifade gösteren proteinlere dayalı biyolojik ağ modellemesi üzerine yapmıştır.

Şu anda aynı bölümde doktora eğitimine devam etmektedir. The Journal of Microbiology dergisinde yayını bulunmaktadır.

Eğitim yaklaşımı:

• Etkileşimli ve uygulamalar ile anlatım
• Bol egzersiz ve pratik ile öğrenileni pekiştirme imkanı

Eğitim Kazanımları:

• Biyoinformatiğe giriş ve araştırma alanları
• Biyolojik veritabanlarına genel bakış (NCBI, UniProt, ENA)
• Genom dizilemeye giriş
• Varyant analizi ve önemi
• Anaconda Navigator’a giriş: kuruluşu ve kullanımı
• Terminal, Anaconda Prompt ve Conda’ya genel bakış
• Jupyter Notebook’a Giriş
• Python temelleri: değişken türleri (int, string, float, list, demet, sözlük), döngüler (for & while) ve koşullu ifadeler (if, else, elif), fonksiyonlar.
• Anaconda Navigator ile mikrobiyal varyant analizi uygulaması

1. Gün (3 Şubat 2023 – 18:00-21:00)

• Biyoinformatik nedir? Araştırma alanları, biyolojik veri tabanları (NCBI, UniProt, ENA uygulama)
• Genom dizileme nedir? 
• Neden varyant analizi?

2.Gün (4 Şubat 2023 – 11:00-17:00)

• Anaconda Navigator nedir? Nasıl yüklenir ve kullanılır? 
• Terminal, Anaconda Prompt ve Conda nedir? 
• Jupyter Notebook 
• Uygulamalı Python temelleri
  • Değişken türleri (int, string, float, list, tuple, dictionary vb)
  • Döngüler (for & while loop)
  • Koşullu ifadeler (if, else, elif)
  • Fonksiyonlar

3.Gün (5 Şubat 2023 – 11:00-13:00)

• Anaconda Navigator’da paket yükleme (conda ve Navigator ile)
• Mikrobiyal varyant analizi 

Kimler Katılabilir: 

• Yaşam bilimlerinin tüm alanında çalışan araştırmacılar ve profesyöneller
• Kendini geliştirmek isteyen yaşam bilimleri öğrencileri 
• Biyoinformatik araçlarla çalışma yapmak isteyenler
• Varyant analizine ve Python’a ilgi duyan yaşam bilimleri araştırmacıları
• Katılımcıların bilgisayar ve internet bağlantısı olmalıdır.
• Temel seviyede İngilizce bilgisi avantajdır.
• Eğitime katılmak için kodlama bilgisi gerekmemektedir. 
• Temel biyoloji ve biyoinformatik bilgisi katılımcılar için gereklidir. 

Önemli Notlar: 

• Taksit imkanı bulunmaktadır. Taksitli ödeme için [email protected] adresine e-posta gödneriniz.
• Havale ya da EFT yapmak isteyenler [email protected] adresinden iletişime geçebilirler.
• Eğitim programı, kayıtların 12 kişiye ulaşmaması durumunda ertelenecek ve 12 kişi tamamlandığında açılacaktır.
• Eğitime katılan ve çalışmaları tamamlayanlara QR kodlu ve doğrulanabilir katılım belgeleri verilecektir.
• Eğitim materyalleri ve videoları eğitimdeen itibaren 2 hafta süreyle katılımcıların erişimine açık olacaktır.