Moleküler modellemeye giriş ve Autodock Vina uygulaması

10-11 Nisan 2021 – Hafta sonu

Moleküler modelleme ilaç keşiflerinin ve tasarımının temellerini oluşturan yöntemlerden biridir. Özellikle geçtiğimiz yıl pandemiyle mücadelede, hızlı ilaç ve aşı geliştirme süreçlerinde önemi açıkça ortaya çıkmıştır.

Moleküler modelleme çalışmaları ve moleküler kenetlenme (docking) çalışmaları, kullanılan veri tabanları, protein-ligand etkileşimleri, ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları günümüzde artık sıklıkla kullanılmaya başlanan yöntemlerdir.

Bu eğitimde katılımcılar moleküler modelleme konusunda temel bilgileri edinecek, ilaç keşif ve tasarım süreçlerini kavrayacak, moleküler yerleştirme (moleküler docking) için AutoDock Vina uygulamasını kullanarak kendileri de uygulamalı olarak bunların nasıl yapıldığını deneyimlecekler.

Bunun yanı sıra katılımcılar, uygulama çalışmalarında SARS-CoV-2 virüsünün proteinleriyle COVİD-19 hastalığında kullanılması için ilk FDA onayı alan Remdesivir’in moleküler yerleştirme çalışması yapılacaktır.

Eğitmen: MSc. Gamze Yazgeldi

Gebze Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden 2017 yılında mezun olmuştur. Lisans eğitimi süresince Ankara Biyoteknoloji Enstitüsü Genom Bilim Laboratuvarına, TÜBİTAK-MAM Gen Mühendisliği Enstitüsü Hayvan Genetiği ve Üreme Biyolojisi Laboratuvarına, Güney Kore’deki Pohang Bilim ve Teknoloji Üniversitesi Moleküler Yaşlanma Laboratuvarına katılmıştır. Lisans bitirme tezini GTÜ-Moleküler Nörobiyoloji Laboratuvarında moleküler klonlama çalışmasıyla tamamlamıştır.

Yüksek lisansını Gebze Teknik Üniversitesi Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanından 2020 yılında tamamlamıştır. Yüksek lisans tezini bir biyoinformatik aracının ikinci versiyonunu geliştirmekle ve korelasyon analizini kullanarak ilaç önermesiyle ilgili çalışmasıyla tamamlamıştır. Benzer bir çalışmayı kısa süreli Leibniz Doğal Ürün Araştırma ve Enfeksiyon Biyolojisi Enstitüsü‘ndeki (Hans Knöll Enstitüsü) Sistem Biyoloji ve Biyoinformatik grubunda sürdürmüştür. Son olarak, TÜBİTAK-STAR bursiyeri olarak bir ilaç projesinde moleküler modelleme çalışmıştır. İlgi alanları; biyoinformatik araçları ve veri tabanlarının oluşturulması, veri analizi, virüs-konak etkileşimleri ve ilaç tasarımıdır. 

Program:

Modül 1. Moleküler Modellemeye Giriş

  • İlaç Keşfetme Süreçleri
  • Rasyonel İlaç Tasarımı
  • Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı
  • Ligand (Efektör) Temelli ve Yapı (Hedef) Temelli İlaç Tasarımı
  • Yapı Temelli İlaç Tasarımındaki Hedefler 
  • Protein-Ligand Etkileşimleri
  • Moleküler Modelleme 
  • Moleküler Modelleme Çalışmaları
  • Moleküler Yerleştirme/Kenetleme
  • Moleküler Yerleştirmede Kullanılan Veritabanları ve Araçlar

Modül 2. AutoDock Vina Uygulaması

Uygulamada SARS-CoV-2 virüsünün proteinleriyle COVİD-19 hastalığında kullanılması için ilk FDA onayı alan Remdesivir’in moleküler yerleştirme çalışması yapılacaktır.

  • Modül 1’in Özeti
  • İlaç Yeniden Konumlandırma 
  • COVİD-19’a Karşı Moleküler Yerleştirme Çalışmaları
  • AutoDock Vina’ya Giriş
  • AutoDock Vina ile Moleküler Yerleştirme Uygulaması
    • Veri tabanlarından ilgili moleküllerin verilerinin seçilmesi ve indirilmesi
    • Proteinin ve ligandın AutoDock Vina’da düzenlenmesi
    • Grid ve konfigürasyon dosyalarının oluşturulması
    • Ligandın hedef proteinine bağlandığı bölgelerinin ve bağlanma pozisyonlarının bulunması
    • AutoDock Vina çalışmasının sonuçlarının değerlendirilmesi
  • Uygulamadan Sonraki Çalışmalar Hakkında Değerlendirmeler

Moleküler modellemeye giriş ve Autodock Vina uygulaması Eğitim detayları: 

Eğitmen:

Mac. Gamze Yazgeldi

Eğitim tarihi:

10-11 Nisan 2021

Hafta sonu ve çevrimiçi gerçekleşecek

Eğitim saatleri:

10:00-17:00

Eğitim adresi:

Eğitimden bir hafta önce çevrimiçi eğitim adresi paylaşılacaktır.

Ücret:

Çalışanlar için: 450 TL + %18 KDV (Toplam: 531,00 TL)

Öğrenciler için: 360 TL + %18 KDV (Toplam: 425,00 TL)

Kredi kartına taksit imkanı bulunmaktadır.