Biyoinformatik ve yaşam bilimleri alanında, veri analizi ve yorumlama becerileri, günümüzdeki akademik çalışmalarda büyük bir avantajdır. Bu avantajları elde etmek ve bilimsel çalışmalarınızı daha verimli ve çeşitli hale getirmek için tasarlanmış olan “R ile RNA-Seq Veri Analizi ve Diferansiyel Ekspresyon Analizi Eğitimi”ne katılarak akademik kariyerinizi güçlendirebilirsiniz.
Bu eğitim biyoinformatik alanında araştırma kabiliyetlerini geliştirmek isteyenler için tasarlanmıştır. R programlama dilinin temel düzeyde anlaşılması ve kullanılması, yeni nesil dizileme teknolojilerinden biri olan RNA-Seq verilerinin ön işlemesi, analizi ve yorumlanması, diferansiyel ekspresyon analizinin mantığının anlaşılması ve uygulanması temel kazanımlarıdır.
Kimler Katılabilir:
Temel olarak yaşam bilimlerinin tüm dallarında eğitim alanlar ve biyoinformatikte kendini geliştirmek isteyenlere uygundur. Katılmak için bilgisayarınız ve internet erişiminiz olması yeterlidir. Kodlama bilgisi gerekmemektedir. Eğer biyoinformatik hakkında hiç bilginiz yoksa buraya tıklayarak başlangıç seviyesi eğitimden hemen faydalanabilirsiniz.
Neden Bu Eğitime Katılmalısınız?
-
Veri Bilimi Becerileri: Bu eğitim, R programlama dilinin temel düzeyde anlaşılması ve kullanılmasını öğretir. Bu beceriler, araştırma projelerinizde büyük ölçüde verimlilik sağlar.
-
RNA-Seq Veri Analizi: Yeni nesil dizileme teknolojileri, bilimsel çalışmalarınızı çeşitlendirmeniz için bir fırsat sunar. Bu eğitim, RNA-Seq verilerini analiz etme becerinizi artırır.
-
Diferansiyel Ekspresyon Analizi: Gen ifadesindeki farklılıkları anlamak, özellikle kanser araştırmaları gibi çalışmalarınızda büyük bir öneme sahiptir. Bu eğitim, diferansiyel ekspresyon analizi konusunda sizi uzmanlaştırır.
-
Akademik Avantaj: Bu eğitim, akademik dünyada daha etkili bir araştırmacı olmanız için gereken temel becerileri sağlar. Bilimsel çalışmalarınızı daha çeşitli hale getirir ve daha fazla veri analizi seçeneği sunar.
-
Özel Olarak Kanser Araştırmaları: Kanser çalışmaları için özel olarak ele alınan örnekler, kanser araştırmacıları için bu eğitimi daha da verimli hale getirir. Bu alandaki projelerinizi geliştirmek için gerekli bilgi ve becerileri kazanabilirsiniz.
-
Deneyimli Eğitmen: Eğitmenimiz MSc. Güllü Elif Özdemir, biyoinformatik ve yaşam bilimleri alanında uzun yılların deneyimine sahip bir uzmandır.
-
Uygulamalı Eğitim: Teorik bilgiyi pratiğe dökme fırsatı bulacaksınız. Eğitim boyunca gerçek verilerle çalışacak ve analiz becerilerinizi geliştireceksiniz.
-
İleride Kullanabilirsiniz: Bu eğitimde edindiğiniz bilgi, sadece bu dersle sınırlı değil. R programlama dilini öğrenerek, gelecekteki araştırmalarınızda daha etkili olacaksınız.
Bu Eğitimde Ne Öğreneceksiniz?
Bu eğitimde, R programlama dilini kullanarak RNA-Seq veri analizi ve diferansiyel ekspresyon analizini öğreneceksiniz. Başlangıçtan daha ileri seviyeye kadar temel R ile programlama, R programlama dilinin avantajları ve kullanım alanları ile başlayacak, ardından RNA-Seq veri analizi ve diferansiyel ekspresyon analizi konularında derinlemesine bilgi edineceksiniz. Uygulamalı örneklerde TCGA, Pan-Kanser projesi, LIHC (Hepatoselüler Karsinom) ve RNA-Seq verileri hakkında genel bilgi sahibi olacak, pratik uygulamalarla öğrendiklerinizi pekiştireceksiniz. Bu eğitimle veri analizi becerilerinizi geliştirerek bilimsel araştırmalarınıza yeni bir boyut kazandırabilirsiniz.
R ile RNA-Seq Veri Analizi ve Diferansiyel Ekspresyon Analizi Eğitimi Detayları
EĞİTİM TARİHİ :
16 – 17 Aralık 2023 / Hafta Sonu
09:00-15:00
EĞİTİM ADRESİ:
Eğitim online olarak Bioinformy platformu üzerinde gerçekleşecektir.
ÜCRET:
2300 TL + %20 KDV
(%20 KDV Dahil Toplam : 2.880 TL)
Ödemeler İş Bankası Sanal Pos sistemi güvencesiyle alınmaktadır.
Taksitli ödeme için İyzico altyapımızı buraya tıklayarak kullanabilirsiniz.
ÖNEMLİ NOTLAR:
- Taksit imkanı bulunmaktadır. Taksitli ödeme için İyzico ödeme sayfamıza buraya tıklayarak ulaşınız.
- Havale ya da EFT yapmak isteyenler info@eresbiotech.com adresinden iletişime geçebilirler.
- Eğitim programı, online ve canlı gerçekleşecektir.
- Eğitime katılan ve çalışmaları tamamlayanlara QR kodlu ve doğrulanabilir katılım belgeleri verilecektir.
- Eğitim materyalleri ve videoları eğitimden itibaren 2 hafta süreyle katılımcıların erişimine açık olacaktır.
Eğitmen: MSc. Güllü Elif Özdemir
Lisans derecesini Hacettepe Üniversitesi Biyoloji bölümünde ve yüksek lisansını da Marmara Üniversitesi Biyomühendislik (İngilizce) bölümünde biyoinformatik ve hesaplamalı biyoloji analizleri çerçevesinde tamamlamıştır. Lisansüstü eğitimi ve iş deneyimleri sırasında temel odak noktası; R ve Python programlama dillerinin etkin bir şekilde kullanımı ile yeni nesil dizileme verilerinin işlenmesi ve analizi, yaşam bilimleri için makine öğrenimi ve biyoistatistik üzerine olmuştur.
Yoğun olarak kanser biyolojisi üzerinde çalışarak kişiselleştirilmiş tedavi çalışmaları yürütmektedir. Aynı zamanda, multi-omic verilerin ( genomic, transcriptomic, proteomic, epigenomic ) işlenmesi ve bütüleştirici analizi üzerine çeşitli çalışmalar yürütmektedir. Gerçekleştirdiği biyoinformatik analizlerden bazıları şu şekildedir:
– Kümeleme
– Diferansiyel Ekspresyon Analizi
– Biyobelirteç Tespiti
– Enrichment Analizi
– Kemoterapi ve İmmünoterapite Yanıt
– İlaç Duyarlılığı Analizi
– Tümör Mikroçevre Analizi
– Tümör İçi Heterojenite Tespiti
Detaylı R ile RNA-Seq Veri Analizi ve Diferansiyel Ekspresyon Analizi Eğitimi Konuları
A. GİRİŞ
- Tanışma
- R programlama dili ve avantajları nedir ?
- R programlama dilinin kullanım alanları nelerdir?
- RStudio arayüzü nedir ?
- R ve RStudio’nun indirilmesi ve kurulması
B. TEMEL PROGRAMLAMA PRENSİPLERİ
- Değişken Tipleri
- Integer
- Double
- Character
- Logical
- Değişkenlerle İşlemler
- Veri Türü Kontrolü
- Veri Türü Dönüşümleri
- Veri Yapıları
- Vektörler
- Vektör Nedir?
- Vektör Oluşturma
- Vektörlerde Eleman Seçimi
- Vektörlerde Eleman Silme
- Vektörlerde Eleman Değeri Değiştirme
- Vektörlere Yeni Eleman Ekleme
- Uygulama
- Listeler
- Liste Nedir?
- Liste Oluşturma
- Listelerde Eleman Seçimi
- Listelerde Eleman Silme
- Listelerde Eleman Değeri Değiştirme
- Listelere Yeni Eleman Ekleme
- Uygulama
- Matrisler
- Matris Oluşturma
- Matrislerde Eleman Seçimi
- Matrislerde Satır ve Sütun Kaldırma
- Matrislerde Eleman Değeri Değiştirme
- Matrislere Satır ve Sütun Ekleme
- Matris İşlemleri
- Uygulama
- Dataframe
- Dataframe Nedir?
- Dataframe Oluşturma
- Dataframe Veri Dönüşümleri
- Dataframe’den Eleman Seçimi
- Dataframe Satır ve Sütun Kaldırma
- Dataframe Eleman Değeri Değiştirme
- Dataframe Satır ve Sütun Ekleme
- Dataframe’lerin Alt Kümelerini Oluşturma
- NA ve NULL Nedir?
- Uygulama
RNA-Seq Veri ve Diferansiyel Ekspresyon Analizi
- TCGA nedir?
- Pan-Kanser projesi nedir?
- LIHC nedir ?
- RNA-Seq nedir?
- Diferansiyel ekspresyon analizi ve önemli ölçüde farklılaşan genler nedir?
- DEA ne için kullanılır?
- DE analizinde en çok kullanılan algoritmalar nelerdir?
- TCGAbiolinks paketi nedir ve ne işe yarar?
- R’da çalışma dizinini öğrenme ve değiştirme
- R ile TCGAbiolinks paketini indirme ve çağırma
- R’da TCGA-LIHC verisi ile ilgili ayrıntılara ulaşma
- R’da TCGA-LIHC RNA-Seq verilerini sorgulama-indirme-yükleme
- Veri içeriği hakkında genel bilgi edinimi
- RNA-Seq count matrisinin elde edilmesi
- Gen haritalama bilgisine ( external gene name, gene id vb. ) ulaşmak
- Sadece çalışılan nesneyi veya tüm veriyi kaydetmek
- DE analizi için uygun formatta bir DGE nesnesinin oluşturulması
- DE analizinden önce düşük okuma sayısına sahip genlerin filtrelenmesi
- DE analizi için RNA-Seq verilerinin normalize edilmesi
- Diferansiyel ekspresyon analizinin gerçekleştirilmesi
- DEA sonucu elde edilen verinin yorumlanması
- PCA grafiklerinin oluşturulması ve yorumlanması
- Heatmap nedir?
- Hierarchical clustering nedir?
- DEG’ler için heatmap oluşturulması ve yorumlanması